ประวัติสำนักงาน
เดิมตั้งแต่ปี พ.ศ. 2502 เป็น "ด่านศุลกากรท่าอากาศยานกรุงเทพ" ต่อมา พ.ศ. 2538 ได้เปลี่ยนเป็น "สำนักงานศุลกากรท่าอากาศยานกรุงเทพ" ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมศุลกากร กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2538 มีสำนักงานศุลกากรเพียงแห่งเดียวคือ สำนักงานศุลกากรท่าอากาศยานกรุงเทพ ตั้งอยู่ที่ สนามบินดอนเมือง ต่อมาได้มีการสร้างสนามบินแห่งใหม่คือ สนามบินสุวรรณภูมิ ซึ่งเป็นสนามบินที่ใหญ่และรองรับปริมาณงานจำนวนมาก กรมศุลกากรจึงได้แบ่ง สำนักงานศุลกากรท่าอากาศยานกรุงเทพ ออกเป็น 2 สำนัก ตามกฏกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมศุลกากร กระทรวงการคลัง (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2549 โดยแบ่งเป็น
สำนักงานศุลกากรตรวจสินค้าท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ รับผิดชอบเกี่ยวกับการปฏิบัติพิธีการศุลกากร การจัดเก็บภาษีอากรและรายได้อื่น การคืนอากรทั่วไป การควบคุมสินค้าและการตรวจปล่อยสินค้าที่นำเข้าหรือส่งออก สินค้าถ่ายลำ ทางท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ นอกเหนือจากสินค้าที่ผู้โดยสารนำมาพร้อมกับตน รวมทั้งการควบคุมคลังสินค้าทัณฑ์บนและเขตปลอดอากรท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ แต่ไม่รวมถึงคลังทัณฑ์บนภายในอาคารผู้โดยสารและอาคารเทียบเครื่องบินท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ
สำนักงานศุลกากรตรวจของผู้โดยสารท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ รับผิดชอบเกี่ยวกับการปฏิบัติพิธีการศุลกากร การจัดเก็บภาษีอากรและรายได้อื่น การคืนอากรทั่วไป การควบคุมสินค้าและการตรวจปล่อยสินค้าที่นำเข้าหรือส่งออก สินค้าถ่ายลำ ทางท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ เฉพาะสินค้าที่ผู้โดยสารนำมาพร้อมกับตนทางท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ และควบคุมคลังสินค้าทัณฑ์บนภายในอาคารผู้โดยสารและอาคารเทียบเครื่องบินท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ